Kada ste jednom očistili i napunili svoj kristal možete ga početi koristiti. On će primjetno djelovati i ako ga prethodno ne programirate za određeni cilj, no djelovanje će biti puno slabije, prema nekim izvorima tek oko 5%.
Stručni i certificirani kristaloterapeuti mogu za Vas programirati kristal, kao i neki Reiki majstori, no podjednako učinkovito to možete učiniti i sami.
Kristal je najbolje programirati odmah nakon punjenja, kada mu je energija na najvišoj razini. U tu svrhu prvo morate osigurati mir i tišinu kako biste se mogli koncentrirati.
Uzmite kristal u ruku. Možete ga držati ispred sebe na otvorenom dlanu, u šaci ili na dlanu s drugim dlanom iznad kristala. Opustite se i osjetite njegovu energiju. Po potrebi zatvorite oči. Na glas, šapćući ili u sebi recite kako ćete ovaj kristal koristiti s ljubavlju i u skladu s najvišim dobrom.
Koncentrirajte se na cilj koji želite ostvariti uz pomoć kristala i malo razmišljajte o tome. Zamislite kako će biti kada cilj bude ostvaren, te smislite pravilnu formulaciju za svoj cilj. Ako želite izliječiti neku bolest, recite to vrlo precizno, ako želite privući ljubav, opišite kakvu vrstu ljubavi želite, romantičnu ljubav, brak, ili prijateljsku ljubav. Važno je biti vrlo precizan pri postavljanju cilja. Rečenice tipa: "želim ljubav", ne govore ništa. I kućni ljubimci su puni ljubavi, pa biste na poklon mogli dobiti psa, a u stvarnosti ste željeli romancu. Znači preciznost je vrlo važna. Kada ste smislili pravu formulaciju i osjećate da ste dovoljno koncentrirani na cilj dajte si malo vremena uskladiti svoju energiju s energijom kristala te potom izrecite, opet, na glas, šapćući ili u sebi: "programiram ovaj kristal za ..." i navedete svoj točan cilj. Ako ste gledali, čitali ili još bolje, prakticirate Tajnu, neće Vam biti nikakav problem.
Nakon programiranja najbolje je nositi kamen uz sebe, ako je to moguće, ili ga staviti negdje u svoju blizinu, gdje će Vam biti u vidokrugu, te ga barem tri puta dnevno uzimati u ruke i držati.
Programirani kristal nije potrebno čistiti sve dok ne ispuni zadati program. Tada mu se treba zahvaliti, očistiti ga i napuniti. Ako se pak radi o dugotrajnom programu, pri čijem izvršenju se oslobađa puno negativne energije, kristal redovito čistite, punite i ponovno programirajte nakon svakog pozitivnog pomaka ili jednom tjedno. Možda na početku, dok ne steknete dovoljno iskustva u programiranju ili dok bolje ne upoznate svoj kristal, nećete primijećivati da on uopće išta "radi". U tom slučaju ga nakon tjedan ili dva tjedna ispraznite, napunite i ponovno programirajte za isti cilj. Vremenom će sve ići brže i učinkovitije.